Отдел бактериологических методов обеспечивает выделение, идентификацию до вида и определение чувствительности к антимикробным препаратам микроорганизмов, составляющих микрофлору человека в норме и при патологических состояниях, а также с объектов окружающей среды. Для этого специалисты отдела используют все необходимые технологии. Отдел оборудован современными техническими средствами, такими как термостаты, CO2 – инкубатор, устройства для создания анаэробных условий культивирования, аппарат для автоматического окрашивания препаратов Sakura Tissue-Tec DRS 2000, бактериологический анализатор BioMic, масс-спектрометр Bruker MALDI-TOF.