Научная библиотека существует со дня основания Института. Первые упоминания о библиотеке относятся к 1844 году. В этот период времени должность репетитора исполнял врач Вейденбаум, в обязанности которого входили и функции библиотекаря (Сто лет деятельности Императорского клинического повивального института 1797 —1897 г.: историко-медицинский очерк / сост. Д.О.Отт. — С.-Петербург, 1898. — С.29).
При разработке проекта нового здания Института Д.О.Отт особое внимание уделял помещениям для библиотеки, которая состояла из двух помещений: читального зала и основного книгохранилища, и была оборудована специальными шкафами с раздвижными дверцами и передвижными полками системы Штендера; расположение книг — систематическое.
Одним из главных источников её формирования и пополнения были пожертвования читателей. В библиотеке хранятся редкие книги XVII–XIX веков. Дары ученых являлись источником пополнения фондов библиотеки. Интерьеры библиотеки и традиция дарения книг, выдающимися учеными Института, сохранились до наших дней.
Сегодня, бережно сохраняя традиции, в библиотеке развиваются современные информационные технологии. Раритетные издания, бережно сохраняются в специальном отделе редких изданий. В отдельный раздел выделены издания с автографами Д.О.Отта.
С большой любовью и заботой сохраняются интерьеры библиотеки, которые не изменились с момента создания нового здания Института. Основные каталоги библиотеки: систематический и алфавитный, существуют со дня образования постоянного книжного фонда, который, в соответствии с каталогами, имеет систематическое расположение книг.
Основные фонды насчитывают более 80000 единиц хранения и имеют систематическое деление.
Научная библиотека сотрудничает с ведущими медицинскими издательствами России, что позволяет комплектовать фонды современной литературой.
С 1994 г. в библиотеке ведётся электронный каталог. Читатели могут пользоваться всеми доступными электронными базами через Internet.
Фондами библиотеки, которые отражают все современные публикации по акушерству и гинекологии, могут пользоваться не только читатели северо-запада, но и других регионов России и зарубежных стран.