Лаборатория микробиологии в своей работе использует только сертифицированные реагенты, диагностические системы и расходные материалы ведущих отечественных и зарубежных производителей. Оборудование проходит своевременное техобслуживание и поверки.
Лаборатория микробиологии ФГБНУ «НИИАГиР им. Д.О.Отта» первой в Российской федерации прошла добровольную сертификацию системы менеджмента качества (СМК) и получила сертификат соответствия ГОСТ Р ISO 9001-2011 (ISO 9001:2008), ГОСТ Р ИСО 15189-2009.