Отдел медицинской микробиологии

В состав Отдела геномной медицины входит группа экспериментальной микробиологии.

Основные направления исследований

Инфекции репродуктивного тракта, урогенитальные и перинатальные инфекции, клиническая микробиология в акушерстве, гинекологии и неонатологии.

Наиболее значимые результаты для науки и практики

Решение проблем диагностики, профилактики и лечения репродуктивно значимых инфекций, изучение механизмов формирования и прогрессирования инфекционных заболеваний у матери, плода и новорожденного, организация диагностического процесса и внедрение стандартов качества диагностики урогенитальных, перинатальных и неонатальных инфекций, основанных на принципах доказательной медицины.

Обоснованы новые подходы к диагностике, профилактике и лечению репродуктивно значимых инфекций у беременных, родильниц, новорожденных детей.

Доказано клиническое значение факторов персистенции хламидий в этиологии трубноперитонеального бесплодия, показано значение бактериальных пленок, сформированных условно патогенными микроорганизмами, в развитии хронических заболеваний женских половых органов, внедрены в практическое здравоохранение меры профилактики перинатальной инфекции, вызванной  стрептококками группы В.

Исследования в области инфекций, составляющих TORCH-синдром у новорожденных позволили снизить частоту прерываний беременности, заболеваемости и смертности новорожденных.

Впервые в стране проведены исследования по выявлению молекулярных маркеров онкогенной активности вируса папилломы человека в ранней диагностике рака шейки матки, дана оценка диагностической и прогностической значимости тестов отечественного производства для выявления и типирования ВПЧ высокого онкогенного риска.

Перспективы научных исследований

Исследования по изучению физиологического и патологического микробиоценоза урогенитального тракта беременных и небеременных женщин, проводимого в рамках важной медицинской и общебиологической концепции микробиома человека, приведут к снижению репродуктивных потерь, что улучшит демографическую ситуацию в стране. Изучение бактериальных биопленок, сформированных условно патогенными микроорганизмами, в том числе Atopobium vaginae и Gardnerella vaginalis, а также разными генотипами Gardnerella vaginalis, позволит усовершенствовать диагностику и терапию бактериального вагиноза, хронического эндометрита, сальпингита.Вследствие угрожающей ситуации устойчивости бактерий к антибактериальным препаратам будут проводиться исследования факторов резистентности микроорганизмов к антибиотикам и бактериофагам, а также по разработке инновационных подходов к диагностике, терапии и профилактике репродуктивно значимых инфекций. В результате проведенных исследований ожидается улучшение качества микробиологической диагностики репродуктивно значимых инфекций и разработка стандартов и алгоритмов профилактики и терапии урогенитальных и перинатальных инфекций. Это позволит оптимизировать скрининг перинатальных и репродуктивно значимых инфекций, что приведет к снижению заболеваемости и смертности беременных женщин и их новорожденных.

Основные научные работы

1. Руководство по лабораторной диагностике инфекций урогенитального тракта/ под ред. Домейки М., Савичевой А., Соколовского Е., Балларда Р., Унемо М.//Издательство Н-Л, 2012.- Санкт-Петербург.- 288 с.
2. Савичева А.М. Методы диагностики генитальных инфекций / в кн.: Шейка матки, влагалище, вульва (физиология/патология/ кольпоскопия/эстетическая коррекция) под ред. С.И. Роговской, Е.В. Липовой. 831 с., StatusPraesens. 2014. с.128-164.
3. Савичева А.М., Шипицына Е.В. Урогенитальные инфекции/ в кн. Медицинская лабораторная диагностика: программы и алгоритмы под ред. Профессора Карпищенко А.И. Руководство для врачей, 3 издание дополненное и переработанное. 692 с., Москва, Издательство «ГЭОТАР Медиа». 2014. с. 377-395.
4. Клинические рекомендации по ведению больных с инфекциями, передаваемыми половым путем (ИППП)/ Соколовский Е.В., Лиознов Д.А., Корнеев И.А., Савичева А.М.; ред. Э.К.Айламазян. – СПб, 2014.- 120 с.
5. Савичева А.М., Коган И.Ю., Мюллер В.С., Тапильская Н.И., Шипицына Е.В./ Хламидийная инфекция: репродуктивные потери, неудачи ЭКО// СПб, ООО «Свое издательство», 2015, 108 с.

Гранты

«Многоцентровое двойное слепое рандомизированное контролируемое исследование эффективности, безопасности и иммуногенности вакцины против вируса папилломы человека 16 и 18 типов у женщин старше 25 лет», Фармацевтическая компания GlaxoSmithKline Biologicals, Бельгия (Вавр), 2006-2015.

Уникальное оборудование

Для обнаружения возможных возбудителей генитальных и неонатальных инфекций, выявления иммунного ответа на инфекцию, мониторинга эффективности терапии используется комплекс методов лабораторной диагностики (микроскопических, культуральных, серологических, иммунофлюоресцентных, иммуноферментных, молекулярно-биологических).

Внедрены современные автоматизированные комплексы диагностики урогенитальных и неонатальных инфекций.

Одним из приоритетных направлений деятельности лаборатории микробиологии является молекулярная диагностика инфекционных заболеваний с применением самых передовых технологий.

Молекулярно-биологические методы являются точными и быстрыми способами обнаружения ДНК/РНК микроорганизмов. Одна из модификаций полимеразной цепной реакции, а именно ПЦР с детекцией в режиме реального времени позволяет определять количество копий ДНК/РНК исследуемом клиническом материале. Лаборатория микробиологии располагает различными модификациями оборудования для ПЦР как отечественного, так и зарубежного производства.

Лаборатория располагает автоматической высоко производительной системой NucliSENS easyMAG для выделения нуклеиновых кислот, обеспечивающей очень высокую степень очистки, что позволяет использовать полученные препараты ДНК/РНК как для клинических анализов, так и для научных исследований.

К числу современных диагностических методов, которыми располагает лаборатория, относится также метод NASBA в реальном времени, обладающий уникальной способностью избирательно выявлять специфическую последовательность РНК в присутствии идентичной последовательности ДНК, что определяет основные области его применения: диагностика инфекций, вызываемых РНК-содержащими вирусами, изучение экспрессии бактериальных и вирусных генов, диагностика бактериальных инфекций, основанная на выявлении 16S рРНК.

Передовым методом идентификации микроорганизмов в клинической микробиологии является MALDI-TOF масс-спектрометрия, осуществляемая на оборудовании фирмы Bruker (Германия), позволяющем выявлять более 5000 видов микробов, населяющих биотопы человека в норме и при патологических состояниях.

Микробиологический анализатор BioMic V3 предназначен для автоматизации чтения и интерпретации биохимических тестов, определения чувствительности к антибактериальным препаратам, контроля качества тестов различных производителей.

Для автоматизации серологических исследований методом ИФА на микропланшетах мы используем специализированную платформу Minilyser фирмы TECAN (США).

Повышение качества окраски микроскопических препаратов достигается применением автоматической станции окрашивания SAKURA Tissue Tek DRS 2000.

В арсенале диагностических средств лаборатории имеется также методика определения нуклеотидной последовательности (секвенирования) ДНК, которая позволяет проводить молекулярную характеристику новых штаммов бактерий и вирусов и незаменима при разрешение сомнительных случаев, когда идентификация микроорганизма другими методами затруднена. Секвенирование является эффективным инструментом изучения  распространения штаммов микроорганизмов в популяции и определения географического происхождения возбудителей инфекционных заболеваний.  Кроме того, с помощью секвенирования можно идентифицировать штаммы, выделенные от пациентов с неудачами терапии и изучать мутации, определяющие устойчивость микроорганизмов к лекарственным препаратам, а также и дифференцировать низко- и высоковирулентные штаммы микроорганизмов.

Международные научные проекты

«Многоцентровое исследование устойчивости Mycoplasma genitalium к антимикробным препаратам», Центр ВОЗ по гонорее и другим ИППП, университетский госпиталь Оребро (Швеция) (WHO Collaborating Centre for Gonorrhoea and other STIs, Örebro University Hospital), 2014-2015.

Научные школы

Создана научная школа по микробиологии репродукции, которой принадлежит лидирующее положение в науке в области клинической микробиологии, микробиологии репродукции и перинатологии.